菌群组成分析

分析不同组之间在各分类层级的组成

多样性分析

物种累积曲线

描述随着抽样量增加物种数增加的状况，判断抽样是否 充分及比较不同组之间的物种丰富度

Alpha 多样性

比较不同组之间的 alpha 多样性差异，包括香农指数， 丰富度，均匀度等

基因丰富度

比较不同组之间的基因多样性

降维聚类分析

PCA 主成分分析

将高维数据，如物种丰度降维后在二维/ 三维上展示

PCoA 主坐标分析

常用于分析样本之间的相似性，基于样本之间的距离将 高维数据投影到低维空间展示

NMDS 非度量多维尺度分析

将高维样本在低维空间进行定位，分析和归类，同时又 保留样本原始关系的方法

Enterotype 肠型分析

根据菌群组成的差异将样本划分成不同的集群或组

组间差异分析

PERMANOVA 多因素方差分析

基于样本之间的距离分析不同表型变量（如分组，年龄 等）对样本差异的解释度，并用置换检验进行显著性分 析

MRPP多响应置换过程分析

类似 permanova，基于样本之间的距离检验两组或多组 之间的差异是否显著

组间 wilcox 检验差异分 析

非参检验分析两组之间基因、功能和菌群之间的差异

LefSe 差异分析

比较两组或多组之间的差异，获得组间丰度差异显著的 biomarker

其他分析

多元线性关联分析

用多元线性关联模型分析多种表型因子与菌群的关系或者多组间的kruskal

通路富集分析

两组间差异显著的基因是否显著富集在某些通路上

代谢物潜力分析

基于物种的丰度及物种与代谢物之间的关系计算代谢 物丰度，比较两组之间的差异

服务

描述

次级代谢产物分析

基于组装的结果预测次级代谢产物

基因物种注释

对非冗余基因集通过比对 NR 数据库做物种注释

Metagenomics- Assembled

Genomes (MAGs)

Binning（分箱）

对 de novo 组装获得的 contigs 进行 binning 分析， 获得 MAGs

丰度定量

将测序数据 mapping 到 MAGs序列上获得其丰度信息

物种注释

根据ANI对 MAGs 做物种注释

网络分析

根据物种丰度在样本中的相关性，构建物种之间的网络

服务

描述

机器学习

包括随机森林、支持向量机及多层神经网络，构建基于宏基因组的疾病预测模型等等。